本作主人公冈部伦太郎(宫野真守 配音)是个患有严重中二病的大学生,自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”,在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
2010年7月28日这天,冈部和青梅竹马真由理(花泽香菜 配音)一同去了科学讲义会场,在那里,他们遇见了天才少女牧濑红莉栖(今井麻美 配音)。让人意想不到的事情发生了,冈部在会馆楼道内听到一声惨叫,他闻声而至,发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至,这个举动,让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”,竟然真的可以左右世界的进程,冈部自此成了孤独的观测者。
这一切都是命运石之门的选择。。富家小子郝笑文(郝邵文 饰)携半路认识的“侍女”丑妹与先后到达的释小宝、小莹进入忍者学校学习,唯利是图的忍者学校对笑文大门敞开,但小宝和小莹就只有靠实力争取入学的机会。四个新同学自此开始了在忍者老师一元(吴孟达 饰)和二次的指导下学习忍术。这帮顽皮儿童在生活和学习的各方面都不忘寻找恶作剧的机会,使学习手里剑、潜水、吃饭都变成了一场场笑闹剧,催泪弹更成了他们哭丧赚取外快的绝密武器,连校长(黄一飞 饰)也败在他们的手里。某日,一名自称绝世忍者的大叔拜访忍者学校,此人十年前在忍者比赛落败后一蹶不振,苦练多年只为寻找当年的劲敌,而他当年的对手,居然是一元老师,四个小家伙受大叔求助,究竟该如何应对?。