季节更替,第二个春天即将到来。 一个是劣等生的哥哥,一个是优等生的妹妹。两人在魔法科高校的生活即将结束第一学年。 达也和深雪利用春假,来到小笠原诸岛的一处别墅度假。 在短暂的休息中,达也一行人尽情放松。 然而,一个名叫九亜的少女突然出现在他们面前。这位从海军基地逃出来的少女向达也提出了一个请求……。战场上下来的佛南却斯克,一天早上他突然听到窗边有一只小鸟在叫,于是醒来并追逐小鸟至屋顶,他像小鸟一样兴奋地张开双手,好象要飞到天空中。就从那一天开始他的生活发生了变化,并且他认识了一个清纯善良的姑娘克蕾亚。这位姑娘不顾家人的劝告,只身来到市镇,着手重建已成废墟的圣塔米阿罗教会。这时,有许多亲友来投靠佛南却斯克。当市镇里的教会看到这一幕时,竟禁止镇上的百姓给他们施舍。这时只有克蕾亚送面包……[。