2013年瑞典兰斯克鲁纳,幸存者(Svenner待考)和移民之间存在着强烈的分歧。一艘船撞上了港口。警察赶到损毁的船上,并遭到大批感染者的袭击。被咬伤的警察陷入昏迷,然后变成怪物苏醒。感染像野火般蔓延起来。人们试图逃离城市。但城市已被国家特遣部队和军方建立的围墙隔离。少数未被感染的幸存者和移民在庇护所寻求避难。同时,感染者努力涌向庇护所逃避猎捕,他们是被未感染者认定的最邪恶的怪物:他们陷入了内有旧地,外有感染者的境地。继上一次的怪兽高燃对战之后,金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁,并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时,上古之战的面纱也将会被揭晓,而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物,并深刻影响了人类世界的命运。。本作主人公冈部伦太郎(宫野真守 配音)是个患有严重中二病的大学生,自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”,在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
2010年7月28日这天,冈部和青梅竹马真由理(花泽香菜 配音)一同去了科学讲义会场,在那里,他们遇见了天才少女牧濑红莉栖(今井麻美 配音)。让人意想不到的事情发生了,冈部在会馆楼道内听到一声惨叫,他闻声而至,发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至,这个举动,让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”,竟然真的可以左右世界的进程,冈部自此成了孤独的观测者。
这一切都是命运石之门的选择。。