故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。泽村正治(谷山纪章 配音)是一个十足的冷硬派男子,个性好强的他在校园中少不了打架惹事,同学们给个性粗暴的他取了“狂犬”的外号。其实,正治的内心中对于女性的温柔十分的渴求,可惜接连的告白失败打击了他的自信,让他逐渐关闭起了心门。
某一日,正治发现曾经打架得力的右手居然变成了一个活灵活现的女孩!女孩名叫春日野美鸟(中原麻衣 配音),对于自己莫名其妙变为正治右手的原因也并不十分了解。就这样,正治和美鸟两人开始了他们的同居生活。美鸟的温柔体贴化解了正治内心的坚冰,由于失去右手无法再打架,正治也闹出了不少的笑话。正治的改变全部都被绫濑贵子(高木礼子 配音)看在了眼里,曾经十分反感正治的她竟然慢慢的被正治吸引。徘徊在两个女孩子之间,正治究竟应该何去何从呢?。