俊明是位感性的作家,除了写作,还喜欢摄影,为了治疗他带有风湿痛的腿,在他个人的环岛毕业旅行中,顺路到北投一趟,并探望他小时候的邻居―秋明。秋明在古月庄旅社当服务生,在旅馆内俊明结识了另一名服务生明芬,两人情投意合,相处得极为融洽。后来俊明才知道明芬有一个双胞姐姐明惠,明惠端庄贤淑,具有中国的传统美德,明芬俏丽活泼,惹人怜爱,明芬原本有个丈夫家祥,但家祥体弱多病,为了不连累明芬,明惠乃瓜代明芬,长期的照顾家祥。。在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验……。