日本少女中村浅一个月前来到香港一心想成为一个女明星。可惜却头头碰着黑,最后,她得到阿龙假意照顾她,并用甜言蜜语骗她上床。后来浅知道龙只是骗子,心灰意冷准备返回日本,却被龙出卖给东尼并被强暴,浅悲愤交集,把东尼的毒品毁掉,东尼发疯的在众人的面前,把浅活活扼死。一个星期后,一个和她的容貌一模一样的少女来到宾馆,说要找中村浅,自称为中村浅的孪生姐姐中村零,零的出现,令宾馆内的住客大吃一惊。当晚,阿龙突然无故暴毙,然后是昌叔夫妇,苏丝,最后是东尼,均一一离奇死亡!负责调查的探员政深入调查,终於查出中村浅死亡的真相,并找到了她被藏尸的地方──东尼制毒的大染缸。更令政惊奇的是,他调查得来的资料显示,中村浅根本就是独生女,没有甚么孪生姐妹……那零是什么人?。卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德 饰)在死刑即将执行之前清醒过来,发现他被索菲娅(玛丽昂·歌迪亚 饰)选中,来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆,被绑在机器上之后,卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔,他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯 饰)施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落,威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨(迈克尔·威廉姆斯 饰)暗示了卡勒姆·林奇,提醒他艾伦有可能动机不纯之后,卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机,而人类自由意志的命运也变得悬而未决……。