柯南、灰原、步美、光彦、元太随博士露营回来,他们绕道去参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼,毛利小五郎恰巧也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀,携小兰、园子参加开幕典礼。参观期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害,目暮警官着手调查,发现他与美绪似有不同寻常关系,不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片,两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织,并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时,他找到灰原举动异常的原因,却发现她正被人追踪。开幕酒会上,美绪作画时被杀,死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图,她的身下也有一个小酒杯,不过却是完好的。地上一颗原本戴在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接着,A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻,柯南注意到正有一支枪瞄准园子,心中给出了所有疑问的答案,但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。。东南亚某无人荒岛,一支由志愿者和机器人组成的救援队进行演练时,遭遇脾性古怪的奇兽追击,不断有巨兽冲击营地。逃亡过程中,救援队意外发现了“野人”袁元忠,这才得知岛上的变异怪相源于一年前基地的核废料泄漏事故。为避免更大的危机,众人决定处理遗留的放射物质。危险的基地再次被打开,狰狞巨鳄倾巢而出,疯狂撕咬志愿者,獠牙阴森的兽人和变异巨兽将他们层层围堵。救援队联手机甲与群兽拼死打斗,争斗间丛林深处又传来阵阵嘶吼声,更多巨兽蜂拥而至……。