1967年,在非洲的扎伊尔莫他巴河谷,美国的雇佣军兵营中被一种突如其来的疾病肆虐,死亡人数不断攀升。军医抽取感染血样离开后,整个军营被炸弹摧毁,附近树林中的白脸猴发出阵阵惊叫声……
直到90年代,一个美国年轻人在非洲扎伊尔捕捉到一只小白脸猴,并带回国出售。由于不合买主要求,年轻人将猴子放生,之后一种新型疾病在旧金山的香柏溪镇上蔓延。美国传染病研究所上校军医山姆接到消息,与妻子及同事立刻展开研究和救治工作。由于疾病传染性极高,政府紧急出动军队封锁镇子,想要逃离者格杀勿论。此时,有一批保密的染毒血清被送来,但山姆等一群人研究发现,这批血清能救治1967年的疾病,却对如今变异后的病毒毫无作用。不久,山姆的妻子不幸被感染,生命垂危中时,政府也作出决定,准备投放炸弹摧毁整个镇子,以此消灭病毒。时间迫在眉睫,山姆查出了病毒的来源,他必须抢在投弹前找到原始病毒携带者。。文久三年。倒幕派击败了佐幕派,刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。 作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定,奔跑在雨中的山路。 刀剑男士在审神者的激励下,开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒,以守护“正确的历史”。 与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起,在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。 刀刃挥舞,刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵。