雪が降り続く小さな村で1人の少年が忽然と姿を消した。失踪した少年と一緒にいた兄、白川一希(永瀬正敏)の曖昧な記憶に警察の捜査は混乱。そんな中、誘拐監禁殺人の容疑者として捜査線上に江藤早奈江(夏川結衣)が浮かび上がる。ほかに何件もの殺人容疑がかかる中、早奈江は完全黙秘で無罪となる。 30年の年月が経過し、少年失踪事件の容疑者だった早奈江の一人娘、早百合(菜葉菜)を見つけ出した事件記者の木立省吾(井浦新)が一希を訪ねてくる。毎夜、雪で弟を見失う悪夢に苛まれ、自分を責め続ける一希。 少年が消えた事件の日から被害者の兄と容疑者の娘という、心に傷を持つ男と女が交錯する。「完全黙秘」と「曖昧な記憶」の先には予想できない結末が待ち受けていた…。。ガミラスの侵略を退けてから1年後の西暦2201年、白色彗星帝国が宇宙の各惑星にその侵略の手を伸ばしていた。 地球は復興をほぼ終え、都市は活気づき平和に満ちていた。古代進も護衛艦艦長として輸送補給船団に同行していたが、偶然、発信源不明のメッセージを受信する。そのメッセージは、救いを求めるような女性の声であった。かつてのヤマト乗組員たちは、危機の正体を突き止めるためにヤマトを発進させる。 テレザート星に到着した古代たちは、メッセージの発信者であったテレサを救出する。テレサは、白色彗星帝国が宇宙の星々を次々と侵略しており、次に狙っているのが地球であることを告げる。 白色彗星帝国は地球に迫り、最新鋭戦艦アンドロメダを旗艦とした地球艦隊を全滅させる。ヤマトは白色彗星の渦の中心核に波動砲を打ち込む。彗星は火の玉となって炎上するが、その中から巨大な要塞、都市帝国が...。