该片讲述前作三年后的故事,治理广岛架空都市吴原市黑社会的传说中的刑警大上章吾去世之后,年轻的主人公日冈继承他的遗志,继续为一方和平努力的故事。。近未来,日本政要为了推进社会的发展,宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士参与其中,谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发军用机器人。在此之后,光明寺博士不明不白死于事故,身后留下了正上大学的女儿美津以及还未成年的儿子小胜。某个夜晚,姐弟俩遭遇一伙不明身份之人的劫持,危机时刻一名神秘男子出手相助,随后该男子竟然现出战斗机器人的模样,他就是光明寺博士生前专门安装了良心回路的智能机器人次郎。
光明寺姐弟的命运由此和次郎搅到一起,而更大的危机和阴谋正向他们逼近……。