经历了上一集中的一番折腾后,舍曼教授(艾迪·墨菲 Eddie Murphy 饰)终于要结婚了,这位幸运的未婚妻不是别人,正是他的同事丹妮丝(珍妮·杰克逊 Janet Jackson 饰)。然而,就在这个节骨眼上,那个隐藏在教授脑中的“第二人格”布迪再度出现。为了期待已久的婚礼不被布迪破坏,教授决定好好对付一下自己的这位“老朋友”。
没想到,教授的举动非但没能让布迪消失,甚至让他有了一个独立的身体,脱离了教授掌控的他明目张胆地侵入了教授的生活,并且夺走了教授辛劳多年的研究成果——能够让人短暂返老还童的血清。血清的失窃在教授的家庭里引起了轩然大波,每一个人都渴望着能够享受重回青春的快感。局势是如此的混乱,教授感到梦幻般的婚礼仿佛离自己越来越远。。年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲,不惜触犯炼金术中最大的禁忌,进行了人体炼成。可是炼成失败了,哥哥爱德华失去了左腿与右臂,弟弟阿尔冯斯失去了肉体,只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪,找回失去的一切,兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。
几年后,一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前,他被称作“钢之炼金术师”。。