20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。时尚杂志《Elva》的总编辑戈碧(汪明荃 饰)是个霸道能干的女强人,不仅在工作上强横,在家里也是大权在握,儿子戈德(黄宗泽 饰)就在母亲的影响下长大,对母亲百依百顺,如今也进入了《Elva》工作。一日,戈碧出席某时装大师的丧礼时,不仅出尽风头,还在传媒面前批评女星Helen的衣着,令她十分难堪。丧礼过后戈碧回程途中因没扣安全带被为人热心却又十分冒失的女警丽敏(胡杏儿 饰)截查,强横的她寸步不让,由此对丽敏心生不满。一次《Elva》杂志社被人捣乱,丽敏前往调查时不小心打破了室内的名贵摆设,内心愧疚的丽敏趁晚上无人时偷入杂志社将新的摆设放回原处时邂逅了戈德,更对英俊的戈德一见钟情。
戈碧因为对Helen的批评引起了她的狂热影迷的不满,遭到了劫持,丽敏为了救人向对方宣称自己亦很痛恨戈碧,骗取对方信任后成功解救了戈碧。然而戈碧却因此还很在心。丽敏前往医院向戈碧道歉,戈碧对她不屑一顾。随后戈德对母亲对丽敏的做法感到不好意思,于是带她四出游玩,希望补偿一下。游玩中丽敏向戈德表白了自己的心迹,戈碧得知后要儿子想尽办法令丽敏知难而退……。超古代的地球曾经拥有相当高度的文明,但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平,所以出动大军将人类文明彻底消灭。 时至现代,地球上已经筑起了新的文明,但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来,凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士,将担负起保卫地球的重任。。