1939年4月,侵华日军在南京设立了一个秘密的细菌生化武器的作战基地——荣字1644部队。它是继臭名昭著的713部队以后建立的规模更大、更为隐蔽的细菌武器基地。荣字1644部队主要是研究、培养、制造致命的细菌:霍乱(即虎烈拉)、伤寒、鼠疫等用于实战。在它存在的六年间,因试验细菌武器而杀害的人数最少为1200人,其中包含着进行惨无人道的“活体解剖”而惨死在手术台上的人。他们中间大多数是中国人,也有少数其他国籍的外国人。
1998年8月,在1644部队的生产工厂遗址挖出了几十具被支解的尸骨,至今仍可检测出含有霍乱弧菌肠毒素基因,他们就是当年被活体解剖的所谓“原木”的遗骨。
从1940年到1942年1644部队就曾数次参与了对我浙江、湖南、江西等省的细菌战攻击,造成了大规模的疫情流行和成千上万的中国民众死亡。
日本军国主义者进行惨无人道的细菌战,罪恶滔天、神人共愤。面对这段惨痛的历史,中国人民和一切正义的人们当然是刻骨铭心、永志不忘的。。故事讲述无聊的神明们制作了一个终极益智游戏《诸神的游戏》,从冰里长眠3000年,热爱游戏的前神明少女レオレーシェ苏醒后做出宣言,「带上这个时代最会玩的人!」,而被指名的フェイ是备受期待成为「近年最强的新人」的使徒,两人共同挑战难度极大且还没有人类能完全攻略的《诸神的游戏》。 天才游戏少年、前神明少女与伙伴们就此展开和至高神明的终极脑力大战!。樱井奈奈(花泽香菜 配音)是一位平凡而又善良的可爱女生,某日,奈奈在网上看到了方南STRIDE部比赛的画面,被这项穿梭在大街小巷之中的运动深深吸引,产生了加入的念头。就这样,奈奈进入方南高中,加入了STRIDE部,开始了在这里的学习生活。
个性阳光开朗的八神陆(木村良平 配音)、沉默寡言满脑子只有STRIDE运动的藤原尊(冈本信彦 配音)、外表娇小可爱却拥有强大实力的小日向穗积(小野贤章 配音)、体格健壮英俊帅气的支仓希斯(小野大辅 配音)、温文尔雅书卷气浓厚的门胁步(下野紘 配音),和奈奈一起奔跑在路上的是这些个性迥异的社员们,面对层出不穷的对手,他们会释放出怎样的激情呢?。