TV2003重制版,是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本,画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集,03版共26话,一共30集。这个版本中21与22,23与24,25与26,27与28都是相同的内容。只不过21,23,25,27和原来一样,而22,24,26,28中增添了一些新的东西。 突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令...。相传,流传千年的古医秘针“鬼门十三针”正可救人于鬼门,邪可控人于傀儡,人人皆想得之,奈何它早已匿于江湖,无迹可寻。当世人逐渐遗忘“鬼门十三针”之时,一起诡异莫测的连环杀人案却牵扯出“鬼门十三针”,以及藏于它身后的鬼门秘派,案情愈发扑朔迷离。与此同时,曾因谋害恩师被逐出鬼门的宋敬之在调查连环杀人案时,莫名成为连环杀人案的凶手。面对种种铁证,宋敬之与幕后凶手展开了一场关乎生死和救赎的正义之战。危机时刻,一位毁容老妇认下所有罪名,螳螂捕蝉黄雀在后,亦真亦假,究竟谁才是真正的凶手?。