从人类开始开发宇宙开始进入A.C.(After Colony)纪年,在第一个宇宙殖民地L1完成后百年,地球统一政府对殖民地以武力实行高压统治。 在A.C.165宇宙住民对地球圈发起抗争,而在其中的调停者是非暴力非武装份子的希罗·維,并在各殖民地和地上展开演说推广其理想,但其在A.C.175遭到暗杀(其中一种说法为杀手是OZ前身的特务组织的成员),随后殖民地陷入混乱并遭到特务部队(后来的OZ前身)镇压。之后在地球上提倡和平主义的山克王国和其王室匹斯克拉福特家族也遭消灭。 A.C.195年强力反对地球统一政府强力支配的殖民地份子,对地球送入了五架高达,开始歼灭特务部队OZ的“流星作战”(Operation Meteor)。。都内で、遺体に「X」の痕跡を遺す殺人事件が発生する。事件を担当するはずだった刑事・安堂源次(安田顕)は捜査から外された。かつて自身の妻が被害者となった連続殺人と同じ犯人の可能性が高いからだ。そこで捜査本部には内密に、天才科学者と云われる神保仁(田中圭)に捜査の協力を要請する。事件の解決に全く興味を示さない神保。何よりその奇想天外な行動と言動に源次は振り回される。しかし徐々に息の合い始める二人。そして二人の孤独なDNA捜査は、捜査本部も気づかなかった「ある痕跡」を見出す。そんな中、「殺人鬼X」による更なる殺人が起きてしまう…。。