故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。《总务二科》改编自安田弘之同名漫画作品“总务二科”。
在日本,大型机构必有一个部门,负责派发、更换厕纸、换日光灯等工作,而这个杂务部门的名称为:总务二科。这个部分虽被公司认为是垃圾,却聚集了六位不同原因被贬到此部门的女职员因:主张女人的价值在于交往过的男人总数的千夏(江角真纪子 饰)、对男人有致命吸引力的佳奈(樱井淳子 饰)、理财高手小梓(户田惠子 饰)、准确率具威胁性的算命师理绘(高乔由美子 饰)、做事不得窍门的佐和子(京野琴美 饰)、做事总出纰漏的小梅(宝生舞饰演)。她们究竟会在这个被称为“女性坟墓”的部门发生怎样的故事呢?。