在经济危机和全球变暖后,未来的世界资源匮乏,食品加工业和各种行业停滞,饥荒、逃亡和战争频发。在这样的背景下,美国政府策划了《新伊甸园计划》,大肆宣扬和鼓励人民移居安置地-新伊甸园,并由人类管理局特工督促无劳动力的人民转移,但真相却并不这么简单。管理局的特工诺亚如何揭开真相,并阻止幕后黑手呢?。琴的死亡在X战警中造成了持续的影响,斯科特和金刚狼罗根恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女和金刚狼等人的肩上,异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”,可以令异种人的身体与常人无异,解药的问世在异种人中引起了强烈反响,万磁王四处联系不愿改变体质的异种人,试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去,而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量,X教授和万磁王各自争取琴,她成为了改变异种人世界的关键人物……。