黄力因有事外出家中只剩下妻子和佣人毛毛,在一次偶然的机会,黄力接到老婆的来信,信中说自己已有身孕,其妻暗自高兴,猜想丈夫阿力一定会很高兴,然而恰恰相反,丈夫接到信后顿时火冒三丈,连夜赶回家捉奸,没想到居然多了一个女人,自称是黄力的爱人,也有了黄力的骨肉,黄力在想一举两得办法中,结果被两个老婆给遗弃了……。来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。。